Logo após começar fale com todos no bar e saia, depois vá para Phenac City, pegue a parceira, veja a TV, fale com o prefeito, derrote todos no Pré-GYM, fale com todos no colosseum que fica no topo da cidade e na saída derrote 2 membros da equipe Snagem, vá pra o mercado e fale com todos. Em Outskirt Stand fale com o barmen e ganhe 5 pokeballs. Vá para a casa do Prefeito em Phenac city e lute contra o primeiro shadow pokemon do jogo.

Depois de sair da casa do Prefeito existem 3 pessoas bloqueando a cidade, a azul tem um Shadow Croconair, o verde uma Shadow Bayleef, o vermelho um Shadow Quilava. Você só poderá lutar com um por enquanto. Vá para Pryte Town, lute e fale com todos nas ruas e depois na estação de polícia, depois no colosseum, lute contra Call na entrada da cidade. Vá para a casa de Duking e fale com a estante para abrir a passagem secreta, dentro de lá fale com todos. Vá para a casa do gerador (a com um cientista caído no chão), fale com todos e com o cientista caído e com Duking. Vá para o esconderijo na casa de Duking e fale com todos novamente, depois vá até Construction Site, pegue a engrenagem e retorne-a para o gerador e vá ao colosseum.

Depois da vitória um Cipher o desafiará, depois da vitória suba o edifício e continua pela caverna até encontrar Miror B dançando, enfrente ele e como prêmio ganhe o Pluse do Duking.
No Agate Village vá à casa dos avós da sua parceira, fale com eles, depois fale com todos na cidade e vá até Sacred Forest e derrote Skrub em frente da estátua de purificação, vale com todos na cidade novamente até receber um e-mail falando sobre o Mt. Battle, lá chegue ao décimo andar e enfrente Dakim com o Shadow Entei e ganhe a primeira flauta do tempo, para pegar a última suba toda a montanha.
Vá a Agate Village e fale com todos denovo, vá até Unknown Lab até quando receber uma mensagem pedindo para voltar até Pyrite Town, fale com todos na casa de Duking (até no esconderijo secreto) e no quartel da polícia, ganha uma chave e use no elevador do prédio para chgar até The Under. Fale com todos no Junk Shop e depois no Children Network Center. Vá até o cercadinho e lute com as Ciphers. Fale com o cara no meio do cercadinho, coloque o disco R na plataforma voadora e do outro lado lute com Venus e seu Shadow Suicune.

Vênus irá tentar fugir, siga ela através das escadas e pegue o que ela deixar cair. Pegue a segunda flauta do tempo usando o disco U (localizado no final da estrada de perseguição há Venus) na plataforma voadora, use o disco F para sair e vá até Dark Pokemon Lab.
Lá desative a barreira e invada o laboratório. Procure 3 DNA samples que estão escondidas pelo laboratório, pegue e use na máquina e memorize os pokemos que saírem, use eles de senha para lutar contra Ein que possui um Shadow Raikou.

Em The Under fale com todos em Children Network Center e depois vá para Realgam Tower, lute contra os 4 Admins, use as ID Badges para abrir a porta, depois volte e pegue a máster ball na casa dos avós da parceira antes de seguir o caminho. Fale com o Garoto, tome o elevador e lute contra Gonzap. Depois vá para Realgam Colosseum, a última muralha antes do final do jogo.

Lute as 4 primeiras lutas sem curar, na quinta contra Nascour (com o Shadow Metagross) você será curado. Depois derrote na sexta luta Eusine (com o Shadow Tyranitar) e curta o final do game.