O jogo começa com a animação da luta que ocorre no final do naruto ultimate ninja 3 e da temporada entre naruto e sasuke. Depois da cena, fale com Jiraya e Sakura. Adiante, siga para o escritório da 5ª Hokage, lá entrará uma animação.

Agora Sakura está na sua equipe, vá para o campo de treinamento e veja mais uma animação, você iniciará uma luta contra kakashi, apenas vença-o. Depois de pegar os guizos, saia do campo de treinamento e um homen irá falar com você. Ele irá te pedir para pegar algo, vá ao lado do save point(um círculo azul em cima de um círculo preto) do mesmo lugar e pegue a bola brilhante, volte até o homen e fale com ele novamente.
Volte até o ichikaru ramen e você encontrará Iruka parado em frente ao restaurante, logo uma animação aparecerá.

Agora você chega na parte em que Deidara seqüestra Gaara, lute com o personagem Deidara , apenas vença-o .
Você liberará Deidara para o Versus Mode.
Depois da animação, você estará no comando de Kankuro e sua missão agora é ir atraz de Gaara. Saia da vila da areia e uma contagem regressiva se iniciará,siga os rastros do personagem Sasori para achá-lo e ao personagem Deidara, aparecerá uma animação e uma luta com Sasori se iniciará, apenas vença-o. Sasori agora é selecionável no modo versus.


Depois da animação, você volta a comandar Naruto. Vá até o escritório da 5ª Hokage para mais uma animação, lute contra jiraya, apenas vença-o. Saia do escritório Hokage e volte. Agora você deve ir para a vila da areia.
Saia de Konoha e siga o unico caminho(fica mais fácil olhar no mapa.) até chegar ao deserto, no caminho você enfrentará pequenos ninjas,eles são muito fracos então será fácil de ganhar deles. Chegando na entrada do deserto, siga a frente pela esquerda, vá seguindo pelo unico caminho até chegar na vila da areia. Continue o caminho até chegar em Baki(sensei de Kankurou,Gaara e Temari) para receber a missão, após isso, vá até o ponto vermelho do mapa e converse com uma mulher.
Volte para a entrada do deserto, você encontrará um ponto vermelho no meio do mapa. Seguindo até ele verá que o comerciante está sendo assaltado, bata nos ladrões. Uma animação irá aparecer e você estará de volta a vila da areia.

Fale com Sakura e logo após isso você sairá do local. Saia da vila da areia para mais uma animação, e logo você encontrará a chyo-baa(uma velinha).
Volte até a entrada do deserto, só que dessa vez seguindo pelo caminho da direita.
Aparecerá uma cena e uma luta contra Kisame(um homem azul semelhante a um tubarão) se iniciará, derrote-o com Guy. Kisame agora é selecionável para o Modo versus

Voltando ao grupo de Naruto, continue pelo caminho a seguir até encontrar 2 caminhos, vá pelo caminho da esquerda até aparecer a animação. Você não poderá prosseguir ainda, deve falar com o ponto vermelho que está no mesmo mapa. Uma contagem regressiva irá se iniciar e você deve ir ao ponto vermelho no meio do mapa para encontrar outro ninja da vila da areia. Agora sim você pode prosseguir. Adiante no caminho você encontrará Itachi. Vença-o com Naruto e depois da cena vença-o com Kakashi. Itachi agora é selecionável para o modo versus.


Após a animação, siga o caminho para o esconderijo da Akatsuki. Uma outra animação aparecerá e você agora estará comandando Neji, use o byakugan (aperte o botão triangulo) para localizar o alvo, que fica no canto superior esquerdo da tela, avistando-a , aperte L1 e acerte uma shuriken nela. Um clone de Guy irá aparecer, derrote-o usando Guy. Ainda no comando de Neji, use o byakugan para localizar o outro alvo, que fica no canto superior direito da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken na tarja. Um clone de Tenten irá aparecer, derrote-a usando Tenten. Novamente com Neji, use o byakugan para localizar a tarja que fica no canto inferior esquerdo da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken na tarja. Um clone de Lee irá aparecer, derrote-o usando Lee. Mais uma vez com Neji, use o byakugan e localize a tarja que está no canto inferior direito da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken no alvo e então aparecerá um clone do Neji e você deverá Ganhar dele usando O próprio Neji. Após a animação, siga para o esconderijo da Akatsuki e selecione a primeira opção. Uma nova animação se iniciará junto com uma batalha entre Naruto e Deidara, apenas vença o personagem Deidara.
Novamente uma animação, logo em seguida uma batalha entre Sakura e Sasori, vença-o.
Voltando a Naruto e Kakashi, siga pelo caminho em que ambos estão parados em frente. Uma contagem regressiva se iniciará ,vá até o final da estrada de pedra, com cuidado para não tropeçar nos passaros de Deidara. Uma animação se iniciará.

Ao final da animação, haverá uma batalha entre Chyo-baa e Sasori sem a forma Hiruko(o boneco corcunda com lenço no rosto), vença-o. Mais uma luta entre Sasori e Sakura, vença-o e ganhe Sasori para o versus mode. De volta a Deidara , haverá uma batalha entre Kakashi e Deidara. Resgatando Gaara , Naruto ficará com o chakra da Kyuubi, vença Deidara novamente e veja a animação.


Já em Konoha, siga para um mapa a frente e depois para a esquerda. Você se encontrará com Shino, Kiba e Hinata. Continuando, vá para o escritório da 5ª Hokage para se preparar para mais uma missão. Após falar com Tsunade saia do escritório da Hokage e prossiga para a saída de Konoha, fale com o ponto Kurenai e siga seu grupo para a entrada do deserto, chegando lá vá até vermelho e encontre novamente o Kurenai & cia. Você voltará para Konoha. De volta, siga em direção ao escritório Hokage para se encontrar com Shikamaru, Chouji e ter uma pequena batalha com Sai. Após a sua pequena briguinha, siga para o escritório Hokage, lá você encontrará os novos personagens Sai e Yamato, que estarão liberados após a cena.

Seguindo para a saída de Konoha, finalmente dará início a nova missão. Chegando a entrada do deserto, siga agora para a direita e prossiga no unico caminho. Continuando somente pela direita, você se encontrará com dois ninjas da vila da areia que não te deixarão passar. Para passar, obviamente, prescisa-se de uma autorização que pode ser adquirida na vila da areia mais próxima de sua casa. Em direção ao escritório Kazekage, você encontrará Baki para te dar a tal autorização, fale com ele e siga para a saída de Sunagakure. No caminho você encontrará um personagem.

Ele pedirá para que você derrote os inimigos. Vá ao mapa em que os ninjas da vila da areia estão bloqueando o seu caminho, só que ao invés de ir pela direita, entre no mapa a esquerda. Derrote os inimigos e volte para sunagakure. De volta a vila da areia, fale com o mesmo personagem que você falou antes de ir ao mapa da areia e derrote seus capangas. Os ninjas da areia aparecerão e finalmente, o caminho para prosseguir na missão estará liberado.


Prosseguindo pelo unico caminho a sua frente, chegando perto da entrada do esconderijo da Akatsuki, uma animação acontecerá.
Lute com Yamato, como um treino e após a animação, continue pelo caminho a sua frente. Entre no esconderijo da Akatsuki e vá para perto do selo que está na parede. Um clone do Naruto e um clone da Sakura aparecerão e você deverá lutar contra eles.

Fora do esconderijo, siga para o local a direita do mapa, onde teve a contagem regressiva com as aranhas de Deidara. Entre na primeira direita e aparecerá outra animação.
Continue pelo caminho e chegue na ponte onde acontecerá a batalha entre Kabuto e Yamato. Após a batalha, veja a cena e Naruto se transformará em Naruto-Kyuubi 4 caldas, vença Orochimaru e veja mais uma animação.

Passe da ponte e fale com Yamato (o pontinho vermelho do mapa), você lutará contra Orochimaru e Kabuto. Após vencê-los, vá até o final do mapa e entre na caverna de Orochimaru. Prossiga na caverna sem entrar em nenhuma porta, até o meio dela. Lute contra Sai, seguindo, prossiga a caverna até o final do corredor, vá até a penultima porta (a da esquerda) e derrote os ninjas que estão lá dentro. Volte para a porta da direita (a primeira) e pegue o baú. Entre na ultima porta e lute contra Sasuke, veja a animação, lute com ele de novo, libere-o e o Jogo termina(só o Modo História).
OBS: para liberar Sasuke, tem que salvar depois de terminar o jogo , no save point de konoha (qualquer um).

Dicas:

Pra você conseguir o Sasuke Classic você tem que zerar o RPG do Sasuke no esconderijo do Orochimaru e depois com Naruto também no esconderijo do Orochimaru, daí depois disso tudo você vai de novo no esconderijo do Orochimaru e entra no 1º quarto e vai encontrar o sasuke lá dentro e irá libera-ló!


Já 4º Hokage você tem que encontrar todas as assistências do jogo (aqueles carinhas que você escolhe pra te ajudar na luta) dai depois de encontrar todos você vai até o escritório da Hokage e sobe lá em cima e o 4º Hokage estará lá!

Caso você não saiba onde encontrar estás assistências te passarei a lista de onde encontrar cada um:

Jiraya - Dentro do escritório Hokage (obrigatório enfrentá-lo).
Sakura Shippuuden - em direção ao campo de treinamento, um mapa antes a esquerda.
Ino Shippuuden - em direção ao campo de treinamento, um mapa antes a esquerda.
Ino - Perto da barraquinha de churrasco em Konoha, direção ao campo de treinamento.
Rock Lee - No mapa do savepoint de konoha, direção ao campo de treinamento.
Anko - Proximo ao lago onde pega os guizos de kakashi no accel 1
Sakura - Em frente a loja de konoha.
Neji - Em frente ao escritório Hokage.
Naruto Shippuuden - Em cima do escritório Hokage
Nidaime - Em frente ao escritório Hokage.
Asuma - Em frente ao memorial.
Shizune - Proximo ao lago onde pega os guizos de kakashi no accel 1.
Tenten - Um mapa antes da entrada da vila da areia.
Chyo-baa - Na entrada da vila da areia.
Kankuro - Na vila da areia.
Temari - Na vila da areia, segundo mapa.
Gaara Shippuuden - em cima do escritório kazekage.
Chouji Shippuuden - seguindo a direita da entrada do deserto.
Rock Lee Shippuuden - Segunda parte grande do deserto, antes do caminho até a akatsuki.

Kankuro Shippuuden - A esquerda da segunda parte grande do deserto.
Hinata Shippuuden - a caminho do esconderijo da akatsuki, depois do deserto.
Kakashi - a caminho do esconderijo da akatsuki.
Neji Shippuuden - No mapa das tarjas que houve a luta dos clones do time gai.
Shikamaru Shippuuden - Um mapa antes da entrada do esconderijo da Akatsuki.
Haku - Na entrada do esconderijo da Akatsuki.
Chyo-baa - No esconderijo da Akatsuki.
Zabuza -Na entrada do esconderijo da Akatsuki.
Kiba Shippuuden - No mapa onde houve a contagem regressiva onde naruto perseguia Deidara.
Shino Shippuuden - No mapa onde Naruto lutou com Deidara.
Deidara - No mapa onde houve a contagem regressiva onde naruto perseguia Deidara.
Sakon/Ukon - A caminho da ponte céu e terra.
Sasori Hiruko - Na ponte céu e terra.
Kimimaro - Antes do esconderijo de Orochimaru, num campo aberto que tem o save point.
Itachi - Na ponte céu e terra.
Kisame - A caminho da ponte céu e terra.
Sasori - No esconderijo da Akatsuki.
Tayuya - Um mapa antes da entrada do esconderijo da Akatsuki.
Kidoumaru - No mapa das tarjas que houve a luta dos clones do time gai.
Gai - Segunda parte grande do deserto, antes do caminho até a akatsuki.
Jiroubou - seguindo a direita da entrada do deserto.
Shino - Na segunda parte da floresta, antes da entrada do deserto.
Sai - segundo mapa afora de konoha. a caminho da floresta.
Hinata - Em frente ao portão de konoha.
Naruto - Perto da saída de konoha.
Kurenai - a caminho do esconderijo da akatsuki, depois do deserto.
Shodaime - entrada da floresta.
Sandaime - Em frente ao memorial.
Tsunade - Em cima do escritório Hokage.[/center]